Anos 60. Charles Xavier (James McAvoy) é formado em teologia e filosofia e realiza um trabalho de pós-graduação junto às Nações Unidas. Na univesidade de Oxford ele conhece Erik Lehnsherr (Michael Fassbender), filho de judeus que foram assassinados pelos nazistas durante a Segunda Guerra Mundial. Erik apenas escapou graças ao seu poder mutante de controlar metais, que permitiu que fugisse para a França. Ao término da guerra, Erik passou a trabalhar como intérprete para a inteligência britânica, ajudando judeus a irem para um país recém fundado, hoje chamado Israel. Charles e Erik logo se tornam bons amigos, mantendo um respeito mútuo pela inteligência e ideais do outro. Em 1965, Charles decide usar seus poderes psíquicos para ensinar jovens alunos mutantes a usarem seus dons para fins pacíficos. Nasce a Escola para Jovens Superdotados, gerenciada pelos dois amigos.